FPGA器件所配置的比特流如在每个供电周期暴露出来，这对于设计和公司整体业务的健康发展非常不利。截取和捕捉从外围PROM或处理器下载的器件配置信息十分容易，而且可以在很短的时间内复制设计。合约制造商或“黑客”在取得设计后可以对空白的标准FPGA器件进行编程，从而建造额外 的系统，并且在黑市销售。这设计也可被复制，使得原本设计产品及投入资源开发IP的公司业务遭受损失。
以非挥发性 Flash为基础的FPGA提供了很好的方案，能解决这些问题。因为它的配置比特流是编程器件本身，因此不能被截取。这种FPGA具有很高的抗侵入能力，即使打开和拆开器件也只能看到当中结构，而不是非挥发性存储器单元的实际内容。此外，最新的 Flash FPGA解决方案还有一个集成的AES解密内核，可进行安全的现场重编程及提供过建保护。
总体拥有成本直接受到嵌入式系统设计人员的做法影响，特别是选择FPGA技术时。其中必须留意与材料成本、设计和工作效率相关的成本，以及所用产品的隐藏成本，例如产品的责任和设计保密问题。以非挥发性 Flash为基础的FPGA提供可以取代SRAM FPGA的解决方案，具有独特的优点，也许是您下一个嵌入式系统设计的最佳选择。